PESQUISA DE SARS-CoV-2 POR RT-PCR EM TEMPO REAL: RESULTADOS DE UM ANO DE PANDEMIA

Introdução

O segundo ano da pandemia pelo SARS-CoV-2 foi caracterizado pela emergência e circulação das variantes de preocupação (VOC) Alpha, Beta, Gamma, Delta e Omicron, que causaram impacto na transmissibilidade do vírus e no número de novos casos. Foi ainda marcado por várias renovações do estado de emergência e pela vacinação em massa da população, no nosso País. 

Objetivos e Metodologias

O objetivo deste trabalho foi analisar os resultados dos testes efetuados para a pesquisa de SARS-CoV-2 por RT-PCR em tempo real, num centro hospitalar, durante o ano de 2021. As metodologias de diagnóstico laboratorial, consolidadas no primeiro ano da pandemia, consistiram na utilização de reagentes que detetam no mínimo dois genes do SARS-CoV-2, um específico e outro inespecífico, equipamentos totalmente automáticos e uma plataforma automatizada de extração dos ácidos nucleicos e de PCR em tempo real. Os dados demográficos, critérios de pedido e resultados dos testes foram obtidos através do sistema de informação do laboratório (SIL). 

Resultados

Foram analisados 170236 pedidos de testes em amostras respiratórias, 99,6% do trato respiratório superior -exsudados da naso / orofaringe colhidos em simultâneo e aspirados nasais- e 0,4% do trato respiratório inferior- expetoração, secreções brônquicas e lavado broncoalveolar; 22035 testes (13%) pertenceram a profissionais. A idade média da população foi 48 anos sendo 55% do género feminino. Os resultados distribuíram-se por: não detetados – 157920 (92,8%), detetados- 9375(5,5%) e inconclusivos- 2199(1,3%). Os critérios para o pedido do teste foram maioritariamente: rastreio pré-internamento / procedimento – 49%; rastreio em assintomático sem/com contacto de risco confirmado – 17,2%/7,4%; diagnóstico em sintomático- 13,8%. Não houve informação em 9% dos pedidos. O número de testes oscilou nos 12 meses, com picos / taxas de detetados em: janeiro -18590 / 14%; julho- 15832 / 7,3%; dezembro 19059/ 7,9%. Verificou-se também uma taxa superior a 4% em: fevereiro-9,2%, junho-4,7% e agosto- 5,4%. A idade média no grupo dos detetados foi mais alta em janeiro e fevereiro e diminuiu de forma consistente até setembro. Os resultados detetados pertenceram maioritariamente a pessoas sintomáticas-39,3%; para internamento/ procedimento- 13%; assintomáticas com contacto de risco- 6,7%; assintomáticas sem contacto de risco- 6,3%. No grupo dos não detetados, 12,2% corresponderam a pessoas sintomáticas. 

Conclusões

Os testes foram efetuados quase exclusivamente em exsudados da naso /orofaringe com predomínio de resultados não detetados (92,8%). Os pedidos para admissão ou pré –procedimentos (49%) foram importantes para o conhecimento da pandemia na comunidade. Os aumentos dos testes e/ou de taxas de positividade coincidiram com a emergência e/ou fases de maior disseminação das VOC: da Alpha em janeiro e fevereiro ; da Delta em junho, julho e agosto e em dezembro da Omicron. O programa nacional de vacinação, as características das pessoas não vacinadas e o aparecimento da VOC Omicron, em Novembro, foram fatores que condicionaram a evolução da média de idades, no grupo dos detetados. A diferença de resultados detetados entre assintomáticos com e sem contacto de risco, 6,7% vs 6,3%, não foi significativa questionando-se a definição de contacto de risco. Os resultados não detetados em pessoas sintomáticas implicaram a pesquisa de outros vírus respiratórios, diagnóstico diferencial do SARS-CoV-2.

Declaração de conflito de interesses: Não tenho nada a declarar