AVALIAÇÃO DE UMA NOVA METODOLOGIA DE IDENTIFICAÇÃO E DETEÇÃO DE RESISTÊNCIAS DE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

Introdução: A Tuberculose continua a ser uma das principais causas de morte por agente infecioso em todo o mundo. Dados do último relatório da OMS estimam que 10,6 milhões de pessoas adoeceram com Tuberculose em 2021. Em Portugal e apesar da tendência decrescente no número de casos desde 2015, foram notificados em 2020, 1357 novos casos de doença (taxa de incidência de 13,2 por 100 mil habitantes), continuando a ser o país da Europa Ocidental com maior taxa de incidência. O controlo da Tuberculose depende de um diagnóstico rápido e sensível e de um tratamento adequado e instituído precocemente, de forma que seja possível interromper cadeias de transmissão na comunidade. Assim, o desenvolvimento de novos métodos de diagnóstico que acelerem o diagnóstico continua a ser uma prioridade. O Laboratório Nacional de Referência de Micobactérias, no âmbito das suas atividades de referência pode auxiliar e avaliar a implementação destes novos métodos.
Objetivo e Metodologia: Este trabalho teve como objetivo avaliar o desempenho de uma nova plataforma de diagnóstico da Tuberculose, semi-automatizado, o ExiStationTM48 da Bioneer. Este sistema integra extração de ácidos nucleicos e amplificação por PCR em tempo real, permitindo a análise simultânea de 48 amostras. Foram utilizados 106 remanescentes de amostras de várias naturezas, previamente concentrados, descontaminados (método de N-acetil-cisteína-Hidróxido de sódio) e inativados (95ºC durante 30 min), com resultados previamente conhecidos (pesquisa de BAARs, pesquisa de DNA de Micobactérias, exame cultural, determinação fenotípica do perfil de suscetibilidade aos antibacilares e identificação molecular de resistências).
Resultados: das 106 amostras, 72 foram testadas para a pesquisa de DNA de micobactérias, 51 para a identificação molecular resistências a antibacilares de 1ª linha e 28 para a identificação molecular de resistências a antibacilares de 2ª linha. Na pesquisa de DNA de micobactérias, foram testadas 46 amostras positivas para Mycobacterium tuberculosis (MTB), 11 amostras positivas para micobactérias atípicas (NTM) e 15 amostras negativas, obtendo-se uma concordância global de 93% (67/72). Relativamente à pesquisa de DNA de MTB, foi obtida uma especificidade de 96% e uma sensibilidade de 93%, com concordância de 96% (43/46), enquanto que na identificação de DNA de NTM, a sensibilidade foi de 90% e a especificidade de 100%, com uma taxa de concordância de 82% (9/11). Relativamente à identificação molecular de resistências aos antibacilares de 1ª linha, isoniazida/rifampicina, etambutol e estreptomicina foram obtidas concordâncias de 97% (38/39), 92% (35/38) e 87% (33/38) respetivamente. Na resistência molecular aos antibacilares de 2ª linha, fluoroquinolonas e aminoglicosídeos, a concordância foi de 96% (27/28; 1 resultado falso negativo).
Conclusão: A metodologia avaliada neste trabalho teve um bom desempenho global, com elevada sensibilidade e especificidade. Apresenta ainda como pontos positivos a possibilidade de extrair e amplificar ácidos nucleicos de forma automatizada, o pouco tempo de hands-on do técnico, um Turnaround time (TAT) de 3h, bem como a pesquisa de 52 mutações/alvos moleculares. Como aspetos menos positivos, o facto de não permitir guardar os eluídos para posteriores repetições ou análises.